الشيخ جعفر الإسترآبادي الحائري توفي في طهران ليلة الجمعة في 10 صفر سنة 1263 بالسل وذات الجنب وعمره 66 سنة ونقلت جنازته إلى النجف ودفن قرب قبر العلامة الحلي كذا في روضات الجنات عن الشيخ علي ولد المترجم. ننقل ترجمته مقتطفة من روضات الجنات نقلا عن ولده المذكور قال: هو فقيه ورع محتاط حتى أنه لشدة احتياطه قد ينسب إلى الوسواس مؤلف محقق خشن في ذات الله غيور على الدين مهتم بهداية المؤمنين من أكابر تلامذة السيد علي الطباطبائي صاحب الرياض معاصر للكرباسي صاحب افشارات والمنهاج جاور في الحائر الحسيني وفي زمن محاصرة داود باشا لكربلا وتخيربها انتقل إلأى طهران وبقي فيها نحوا من عشرة سنين مشتغلا بالإمامة والتدريس والضقاء والفتيا إلى أن توفي وكان يباحث كل يوم درسين أحدهما في الفقه والآخر في الأصول ويخطب قبل التدريس خطبة ويدعو بعد الفراغ.
مؤلفاته:
(1) أنيس الواعظين مشتمل على ثلاثين مجلسا.
(2) أنيس الزاهدين في النوافل والتعقيبات.
(3) زينة الصلاة مختصر منه.
(4) شفاء الصدور في تفسير آيات المواعظ والأخلاق.
(5) مظاهر السرار في بياتن وجوه الإعجاز في القرآن الكريم خرج منه تفسير الفاتحة وشيء من غيرها.
(6) حل مشاكل القرآن.
(7) جامع الرسائل جمع فيه أكثر رسائل الصحاب مع فوائد منه.
(8) جامع االفنون تكلم فيه على العلوم الاثني عششر المشترطة في الاجتهاد وهي النحو ةالصرف واللغة وعلم البلاغة والمنطق والرجال والدراية والأصول والفقه والتفسير والكلام وعلم الأخبار.
(9) مدائن العلوم يشتمل على خمس مدائن في اللغة والصرف والنحو وعلوم االبلاغة والمنطق.
(10) مائدة الزائرين في الزيارات.
(11) نخبة الزاد في أدعية السابيع والشهور.
(12) كتاب آخر في الأدعية.
(13) تحفة العراق في علم الأخلاق.
(14) سفينة النجاة في حقيقة الوباء والطاعون والأدعية المنجية منهما.
(15) البراهين القاطعة في شرح المعالم.
(16) البرراهين القاطعة في شرح تجريد العقائد الساطعة.
(17) حاشية على التجريد.
(18) مصباح الهدى في الكلام.
(19) المغنية مختصر يشبه كتاب واجب الاعتقاد.
(20) أصول العقائد ادينية في الكلام.
(21) أصل الأصول رسالة فارسية في الكلام.
(22) حياة الأرؤواح في الرد على الشيخ أحمد البحراني وأتباعه.
(23) المصابيح في أصول الفقه.
(24) المشارع الكبير في شرح المعالم.
(25) المشارع الصغير.
(26) موائد الفوائد.
(27) ملاذ الأوتاد في تقريرات السيد الأستاذ -صاحب الرياض-.
(28) الخزائن مختصر منه.
(29) الشوارع في شرح قواعد العلامة.
(30) ينابيع الحكمة في شرح نظم اللمعة.
(31) مشكاة الورى في شرح ألفية الشهيد.
(32) القواعد الفقهية.
(33) نجم الهداية في متفرقات من مسائل الفقه بالفارسية.
(34) مواليد الأحكام في فقه المذاهب الخمسة إلى كتاب الخمس.
(35) رسالة في علم الهيأة وتشخيص القبلة.
(36) حاشية على حاشية السيد شريف على شرح الشمسية في المنطق.
(37) الفلك المشحون فارسي.
(38) إيقاظ النائم مشتمل على حكايات مضحكة وطرائف وله حواشي وتعليقات على كثر من المصنفات.
دار التعارف للمطبوعات - بيروت-ط 1( 1983) , ج: 4- ص: 84